חלק ה-2 לפקודה, עוסק בשלוש חלופות עיקריות של שינויי מבנה : (א) מיזוג תאגידים – סעיפי 103 לפקודה; (ב) העברות נכסים – סעיפי 104 לפקודה ו- (ג) פיצול תאגידים – סעיפי 105 לפקודה. לגבי הסעיפים 103, 105, 104א, 104ב(א)-(ג) ו-104ב(ו) לפקודה, קבע המחוקק הוראות לפטור ממיסים, אך למעשה אין מדובר בפטור, אלא בדחייה של חבות המס עד למימוש הכלכלי.

החל מיום 1.1.2019 יכנס לתוקפו החוק לצמצום השימוש במזומן, במסגרת הוראות החוק הורחבה חובת הדיווח על רוכשי זכויות במקרקעין. להוראות החוק גם השלכות הנוגעות להתרת הוצאות השבחת נכס בניכוי מהשבח כפי שיפורט בהמשך.